Η πλοκή της ταινίας ξετυλίγεται στην Ιαπωνία. Ένας Αμερικανός επιχειρηματίας γίνεται μάρτυρας της δολοφονίας μιας νεαρής κοπέλας από ομάδα φονικών νίντζα. Έτσι γίνεται στόχος τους, ενώ ο ίδιος μπαίνει υπό την προστασία ενός σαμουράι, και η μάχη ξεκινάει. Ωραία ατάκα της ταινίας:How much blood do I have to bath in, to get clean?
Ο Jason Bourne αρχίζει να ξετυλίγει σιγά-σιγά το μυστήριο με την προέλευσή του και τις ικανότητες πρακτόρου που κατέχει, χωρίς να ξέρει το πώς! Φτάνοντας προς το τέλος του μυστηρίου όλοι οι υπεύθυνοι το πληρώνουν και εμείς απολαμβάνουμε πλούσιο θέαμα με τον εντυπωσιακό Mat Damon. Ωραία ατάκα της ταινίας: Do you even know why you're supposed to kill me? Look at us. Look at what they make you give.