Η Γενική Συνέλευση Τμήματος αποτελεί ένα εκ των οργάνων του Τμήματος και συνεδριάζει τακτικά μια φορά το μήνα και εκτάκτως εφόσον υπάρξουν θέματα. Η Γενική Συνέλευση Τμήματος απαρτίζεται από τα μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος και εκπροσώπους των φοιτητών. Η εκπροσώπηση των φοιτητών γίνεται μέσω των Φοιτητικών Παρατάξεων, όπως ΔΑΠ, ΠΑΣΚ, ΠΚΣ κτλ. Η Γενική Συντέλεση Τμήματος μετά την συνεδρία, εκδίδει τις αποφάσεις της, οι οποίες τηρούνται καθολικά.
Η Γενική Συνέλευση Τμήματος έχει γενική εποπτεία της λειτουργίας του Τμήματος και την τήρηση των νόμων και του εσωτερικού κανονισμού, τον καθορισμό της γενικής εκπαιδευτικής και ερευνητικής πολιτικής του Τμήματος, τον προγραμματισμό και τη στρατηγική της πορείας και της ανάπτυξής του και τον τακτικό απολογισμό των σχετικών δραστηριοτήτων του στο πλαίσιο των γενικότερων αποφάσεων της συγκλήτου, τη διατύπωση γνώμης για συγκρότηση σχολής, για μετονομασία, συγχώνευση, κατάτμηση ή κατάργηση του Τμήματος και για σύσταση, κατάργηση, κατάτμηση, μετονομασία ή συγχώνευση τομέων, εργαστηρίων ή κλινικών, την κατανομή, ύστερα από γνώμη των γενικών συνελεύσεων των τομέων, των εργαστηρίων και των κλινικών, του εξοπλισμού και του προσωπικού στους τομείς, την κατανομή πιστώσεων στις εκπαιδευτικές, ερευνητικές και λοιπές δραστηριότητες του Τμήματος, τον προγραμματισμό και την προκήρυξη θέσεων μελών Δ.Ε.Π., καθώς και τη συγκρότηση των οικείων εκλεκτορικών σωμάτων, την πρόσκληση επισκεπτών καθηγητών και την προκήρυξη θέσεων εντεταλμένων επίκουρων καθηγητών και ειδικών επιστημόνων, την κατάρτιση και αναθεώρηση του προγράμματος σπουδών και τη διατύπωση γνώμης για κατευθύνσεις ή ειδικεύσεις του πτυχίου του Τμήματος, τη συγκρότηση επιτροπής μεταπτυχιακών σπουδών, την άσκηση αρμοδιοτήτων διοικητικού συμβουλίου του Τμήματος όπου τούτο δεν λειτουργεί, τη σύνταξη εσωτερικού κανονισμού του Τμήματος ο οποίος όμως δεν μπορεί να βρίσκεται σε αντίθεση με τον κανονισμό λειτουργίας του πανεπιστημίου, τη συγκέντρωση και διαβίβαση στη σύγκλητο των ετήσιων δραστηριοτήτων του Τμήματος, την απονομή τίτλου επίτιμου διδάκτορα, το διορισμό διευθυντή τομέα, όταν δεν υπάρχουν υποψηφιότητες και τη μεταβίβαση αρμοδιοτήτων της στο διοικητικό συμβούλιο ή σε άλλα όργανα του Τμήματος και στην επιτροπή σπουδών.
