Ως Πρύτανης εκλέγεται καθηγητής πρώτης βαθμίδας, αναγνωρισμένου κύρους της ημεδαπής ή της αλλοδαπής, με ελληνική ιθαγένεια, άριστη γνώση της ελληνικής γλώσσας και σημαντική διοικητική εμπειρία, μετά από διεθνή πρόσκληση. Ο πρύτανης εκλέγεται από το σύνολο των καθηγητών του Α.Ε.Ι. μεταξύ των δύο ή τριών υποψηφίων που προτείνει το Συμβούλιο, με πενταετή θητεία χωρίς δικαίωμα επανεκλογής. Ο ρόλος του Πρύτανη αναβαθμίζεται σημαντικά, ενώ η διαδικασία εκλογής του και η απαραίτητη επιστημονική του καταξίωση αποτελούν αναμφισβήτητες εγγυήσεις νομιμοποίησης και αποδοχής από την ακαδημαϊκή κοινότητα για την άσκηση των καθηκόντων του.
