Το Συμβούλιο Ιδρύματος αποτελείται από δέκα πέντε μέλη (και σε μικρότερα ιδρύματα από έντεκα). Η πλειοψηφία των μελών του Συμβουλίου (8 ή 6, αντίστοιχα) εκλέγεται από το σύνολο των καθηγητών του Ιδρύματος. Ο εκπρόσωπος των φοιτητών εκλέγεται από το σύνολο των φοιτητών. Οι παραπάνω επιλέγουν στη συνέχεια τα εξωτερικά μέλη (6 ή 4, αντίστοιχα) μεταξύ καταξιωμένων προσωπικοτήτων της κοινωνίας. Το Συμβούλιο χαράσσει τη στρατηγική για την ανάπτυξη του ιδρύματος και τη διαμόρφωση της ιδιαίτερης φυσιογνωμίας του, εποπτεύει και ελέγχει τη λειτουργία του και αναλαμβάνει πρωτοβουλίες για τη σύνδεσή του με την κοινωνία και την οικονομία. Επίσης επιλέγει μετά από διεθνή πρόσκληση και με αυξημένη πλειοψηφία τους δύο ή τρείς υποψήφιους (ανάλογα με το μέγεθος του ιδρύματος) από τους οποίους το σύνολο των καθηγητών του Α.Ε.Ι. εκλέγει τον Πρύτανη.
