Το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ), το οποίο οδηγεί στην απόκτηση Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (ΜΔΕ).
Δεκτοί υποψήφιοι για ΜΔΕ σε όλες τις ερευνητικές δραστηριότητες των μελών του Τμήματος (Φυσικοχημεία, Ανόργανη, Βιοχημεία, Οργανική, Αναλυτική Χημεία, Χημεία Περιβάλλοντος και Θεωρητική Χημεία).
