Το Τμήμα Χημείας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Διαπανεπιστημιακό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) με τη συμμετοχή του Τμήματος Χημείας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, του Τμήματος Χημείας του Πανεπιστημίου Πατρών, του Τμήματος Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης, του Τμήματος Χημείας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και του Γενικού Τ μήματος του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών καθώς και σε συνεργασία με ερευνητές του ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος και του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών με τίτλο την "Οργανική Σύνθεση και Εφαρμογές στη Χημική Βιομηχανία"
Στο Π.Μ.Σ. γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Α.Ε.Ι. της ημεδαπής ή ομοταγών της αλλοδαπής των Τμημάτων Χημείας, Πανεπιστημίων ή Πολυτεχνείων, Φαρμακευτικής, Πτυχιούχοι άλλων Τμημάτων Σχολών Θετικών Επιστημών, Υγείας και συναφών κλάδων, Πτυχιούχοι Τ.Ε.Ι. του Τμήματος Τεχνολογίας Τροφίμων και συναφών Τμημάτων, της ημεδαπής ή ομοταγών της αλλοδαπής.