Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στη Διοίκηση Επιχειρήσεων (MBA) στις κατευθύνσεις
Στο Π.Μ.Σ. στη Διοίκηση Επιχειρήσεων γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Διοίκησης Επιχειρήσεων και Οικονομικών Σπουδών, Πολυτεχνικών Σχολών, Θετικών Επιστημών, Επιστημών Πληροφορικής, Νομικής, Φιλοσοφικών σχολών της ημεδαπής ή αναγνωρισμένων ομοταγών ιδρυμάτων της αλλοδαπής.