Το Τμήμα Φαρμακευτικής του Πανεπιστημίου Αθηνών ργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στην "Απομόνωση, Ανάπτυξη, Παραγωγή και Έλεγχος Βιοδραστικών Φυσικών Προϊόντων"
Στο Π.Μ.Σ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων : Φαρμακευτικής, Χημείας, Χημικών Μηχανικών, Βιολογίας, Ιατρικής, Επιστήμης Υλικών, Κτηνιατρικής και Γεωπονικής από ΑΕΙ της ημεδαπής ή αντιστοίχων της αλλοδαπής καθώς και αντιστοίχων Τμημάτων Τ.Ε.Ι.