Το Τμήμα Φαρμακευτικής του Πανεπιστημίου Αθηνών ργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στην "Φαρμακευτική Ανάλυση - Έλεγχος Ποιότητας".
Στο Π.Μ.Σ. γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Φαρμακευτικής, Χημείας, Χημικών Μηχανικών, Βιολογίας και Ιατρικής από ΑΕΙ της ημεδαπής ή αντιστοίχων της αλλοδαπής.