Το Τμήμα Φαρμακευτικής του Πανεπιστημίου Αθηνών ργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στην "Κλινική Φαρμακευτική".
Στο Π.Μ.Σ γίνονται δεκτοί μόνο πτυχιούχοι του Τμήματος Φαρμακευτικής