Το Τμήμα Φαρμακευτικής του Πανεπιστημίου Αθηνών ργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στην "Συνθετική Φαρμακευτική Χημεία".
Στο Π.Μ.Σ. γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Φαρμακευτικής, Χημείας, Χημικών Μηχανικών, Βιολογίας και Ιατρικής από ΑΕΙ της ημεδαπής ή αντιστοίχων της αλλοδαπής.