Το Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας Ιωαννίνων, σε συνεργασία με το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης Ιωαννίνων και το Τμήμα Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Κρήτης, οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στην «Ελληνική Φιλοσοφία και Φιλοσοφίας των Επιστημών».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι του Τμήματος Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας ή ομοειδών Τμημάτων της Φιλοσοφικής Σχολής, καθώς επίσης και πτυχιούχοι όλων των Τμημάτων των ΑΕΙ και ΤΕΙ της ημεδαπής και της αλλοδαπής συναφούς αντικειμένου.