Το Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο "Ναυτιλία, Μεταφορές και Διεθνές Εμπόριο" και κατευθύνσεις
Δεκτοί στο ΠΜΣ γίνονται απόφοιτοι ΑΕΙ Διοίκησης Επιχειρήσεων και Οικονομικών Σπουδών, Πολυτεχνικών Σχολών, Θετικών Επιστημών, Νομικής και Επιστημών Πληροφορικής. Επίσης μπορούν να γίνουν δεκτοί πτυχιούχοι τμημάτων ΤΕΙ, αξιωματικοί του Εμπορικού Ναυτικού, του Πολεμικού Ναυτικού, του Λιμενικού Σώματος και των λοιπών παραγωγικών Στρατιωτικών Σχολών