Το Τμήμα Επιστήμης Ζωικής Παραγωγής και Υδατοκαλλιεργειών, ανταποκρινόμενο στη νέα ευρωπαϊκή και παγκόσμια διαμορφούμενη πραγματικότητα για παραγωγή προϊόντων ποιότητας, με παράλληλη εξασφάλιση της προστασίας του περιβάλλοντος και της ευζωίας των ζώων λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Παραγωγικά Συστήματα Εκτροφής Ζώων» με τις εξής ειδικεύσεις
Στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών γίνονται δεκτοί ως υποψήφιοι Πτυχιούχοι του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και άλλων Γεωπονικών Τμημάτων της Χώρας, Πτυχιούχοι τριτοβάθμιας εκπαίδευσης της χώρας, κυρίως θετικής κατεύθυνσης, Πτυχιούχοι ομοταγών Τμημάτων της αλλοδαπής συναφών ειδικοτήτων, εφόσον έχουν τύχει αναγνώρισης από το ΔΟΑΤΑΠ, Απόφοιτοι ΤΕΙ συναφών ειδικοτήτων.