Το Τμήμα Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής & Αγροτικού Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Σύγχρονα συστήματα αγροτικής παραγωγής στο Μεσογειακό χώρο με έμφαση στην αειφορική παραγωγή και στη χρησιμοποίηση νέων τεχνολογιών» με κατευθύνσεις
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Γεωπονικών και Πολυτεχνικών Τμημάτων, Περιβαλλοντικών Τμημάτων, Τμημάτων Θετικών και Οικονομικών Επιστημών των ΑΕΙ. Επίσης πτυχιούχοι αντίστοιχων Τμημάτων ΤΕΙ.