Το Π.Μ.Σ. του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας περιλαμβάνει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στον κλάδο της Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης με επιμέρους ειδηκεύσεις:
Στο Πρόγραμμα Π.Μ.Σ. εγγράφονται πτυχιούχοι του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας καθώς και όλων των άλλων Τμημάτων των Α.Ε.Ι. της ημεδαπής ή ισοτίμων Τμημάτων της Αλλοδαπής εφόσον υπάρχει ισοτιμία του πτυχίου που έχει χορηγηθεί από το Δ.O.Α.Τ.Α.Π.