Το Τμήμα Ιστορίας και το Τμήμα Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου οργανώνουν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Ιστορική έρευνα, Διδακτική και Νέες τεχνολογίες».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι των Τμημάτων Κοινωνικών και Ανθρωπιστικών σπουδών, σπουδών Πληροφορικής των ΑΕΙ της ημεδαπής ή αντίστοιχων Τμημάτων της αλλοδαπής. Επίσης γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Διοίκησης Επιχειρήσεων, Πληροφορικής και Βιβλιοθηκονομίας των ΤΕΙ