Το Τμήμα Ιστορίας του Ιονίου Πανεπιστημίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακώνν Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με αντικείμενο την "Μεθοδολογία Κριτικής και Έκδοσης των Ιστορικών Πηγών".
Δυνατότητα συμμετοχής έχουν πτυχιούχοι των Πανεπιστημιακών Τμημάτων Ιστορίας, Ιστορίας και Αρχαιολογίας (κατεύθυνση Ιστορίας), Ιστορίας και Εθνολογίας (κατεύθυνση Ιστορίας), Κοινωνικής Ανθρωπολογίας, Ιστορίας και Αρχαιολογίας (κατεύθυνση Ιστορίας), Φιλολογίας, Αρχειονομίας και Βιβλιοθηκονομίας, καθώς και πτυχιούχοι Τ.Ε.Ι. συναφούς γνωστικού αντικειμένου.