Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ο Αρχαίος Μεσογειακός Κόσμος: Ιστορία και Αρχαιολογία» στις κατευθύνσεις
Δεκτοί στο Π.Μ.Σ. γίνονται πτυχιούχοι Α.Ε.Ι. των τμημάτων ανθρωπιστικών και κοινωνικών επιστημών της ημεδαπής ή αντίστοιχων τμημάτων της αλλοδαπής. Ειδικά για την κατεύθυνση της Κλασικής Αρχαιολογίας, γίνονται δεκτοί και πτυχιούχοι Α.Ε.Ι. της Αρχιτεκτονικής της ημεδαπής ή αντίστοιχου τμήματος της αλλοδαπής. Επίσης για την κατεύθυνση της Προϊστορικής Αρχαιολογίας, γίνονται δεκτοί και πτυχιούχοι Α.Ε.Ι. των φυσικών επιστημών της ημεδαπής ή της αλλοδαπής.