Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Προστασία, Συντήρηση και Αποκατάσταση Έργων Πολιτισμού, το οποίο μπορεί να οδηγήσει και στην εκπόνηση Διδακτορικής Διατριβής, έχει δύο κατευθύνσεις:
Βασικός στόχος του Προγράμματος για την Α Κατεύθυνση είναι η παροχή εξειδικευμένης γνώσης, τόσο θεωρητικού όσο και πρακτικού χαρακτήρα, για τη συντήρηση, αποκατάσταση και αναστήλωση αρχιτεκτονικών μνημείων και συνόλων, την διαχείριση και ανάδειξη αρχαιολογικών χώρων, καθώς και την προστασία και αποκατάσταση παραδοσιακών οικισμών, ιστορικών κέντρων, ιστορικών τόπων και τόπων ιδιαίτερου φυσικού κάλλους.
Βασικός στόχος του Προγράμματος για την Β Κατεύθυνση είναι η εκπαίδευση των φοιτητών στην προστασία, συντήρηση και αποκατάσταση έργων τέχνης και μηχανισμών καλλιτεχνικής ή ιστορικής αξίας, με έμφαση στην επιστημονική προσέγγιση της συντήρησης.
Στο ΔΠΜΣ γίνονται δεκτοί διπλωματούχοι μηχανικοί και πτυχιούχοι άλλων Σχολών ή Τμημάτων της ημεδαπής και αναγνωρισμένων αντίστοιχων Ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Οι κάτοχοι τίτλου ΑΕΙ της αλλοδαπής οφείλουν να προσκομίσουν την αναγνώριηση του τίτλου τους απο τον ΔΟΑΤΑΠ.