Το Τμήμα Κοινωνιολογίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο "Ευρωπαϊκές Κοινωνίες και Ευρωπαϊκή Ολοκλήρωση".
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι των Σχολών Κοινωνικών, Νομικών, Οικονομικών, Πολιτικών και Ανθρωπιστικών Επιστημών αναγνωρισμένων πανεπιστημίων της ημεδαπής ή της αλλοδαπής. Επίσης γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι συναφών Τμημάτων ΤΕΙ.