Το Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Γυναίκες και Φύλα: Ανθρωπολογικές και Ιστορικές Προσεγγίσεις».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί κάτοχοι πτυχίου Τμημάτων ΑΕΙ όλων των κατευθύνσεων της ημεδαπής ή αντίστοιχων ΑΕΙ της αλλοδαπής.