Ο Τομέας Ποινικών Επιστημών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Μεταπτυχιακές Σπουδές στις Ποινικές Επιστήμες». Σκοποί του Προγράμματος είναι αφενός μεν η κάλυψη των αναγκών παροχής εξειδικευμένης γνώσης και ανάπτυξης της έρευνας στο χώρο των Ποινικών Επιστημών, αφετέρου δε η διασύνδεση της διδασκαλίας με τις ανάγκες της ελληνικής οικονομίας και κοινωνίας. Το ΠMΣ απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης Ποινικών Επιστημών στους εξής τομείς:
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτά πτυχιούχοι Νομικών Σχολών ή Σχολών Κοινωνικών Επιστημών της ημεδαπής ή αλλοδαπής ανεξάρτητα από την ηλικία τους ή την επαγγελματική τους κατάσταση.