Το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Εφαρμοσμένη Λογιστική και Ελεγκτική».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι του Τμήματος Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής, των Τμημάτων Οικονομικών Επιστημών των Πανεπιστημίων της ημεδαπής ή αναγνωρισμένων αντιστοίχων Τμημάτων της αλλοδαπής, άλλων Τμημάτων ΑΕΙ και ΤΕΙ με συναφή γνωστικά αντικείμενα.