Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στην «Εφαρμοσμένη Οικονομική».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι ελληνικών Α.Ε.Ι και Τ.Ε.Ι, καθώς και πτυχιούχοι αναγνωρισμένων τμημάτων πανεπιστημίων του εξωτερικού.