Το Τμήμα Λογιστικής του ΤΕΙ Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Λογιστική και Ελεγκτική».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχων Τμημάτων ΑΕΙ και ΤΕΙ της ημεδαπής ή ομοταγών αναγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής Οικονομικής κατεύθυνσης.