Το Τμήμα Μηχανικών Οικονομίας και Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Οικονομική και Διοίκηση για Μηχανικούς» με κατευθύνσεις
Στο Π.Μ.Σ. γίνονται δεκτοί Διπλωματούχοι Μηχανικοί Πολυτεχνικών Σχολών, Πτυχιούχοι Θετικών και Οικονομικών Επιστημών, καθώς επίσης και Πτυχιούχοι άλλων ισότιμων ιδρυμάτων της ημεδαπής ή ομοταγών αναγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής.