Το Τμήμα Γεωπονίας Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, με τη σύμπραξη και τη διάθεση υλικοτεχνικής υποδομής του Τμήματος Ιχθυοκομίας - Αλιείας του ΤΕΙ Μεσολογγίου και των Τμημάτων Δασοπονίας και Γεωργικών Μηχανών και Αρδεύσεων του ΤΕΙ Λάρισας, οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Ειδίκευσης (Π.Μ.Σ.) στην «Aειφορική Διαχείριση Υδατικού Περιβάλλοντος».
Στο Π.Μ.Σ. του Τμήματος Γεωπονίας Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος, γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Α.Ε.Ι. Γεωτεχνικών, Περιβαλλοντικών, Χημικών, Βιολογικών, Οικονομικών Τμημάτων, καθώς και Τμημάτων Μηχανικών Περιβάλλοντος των Πολυτεχνικών Σχολών της ημεδαπής ή αντίστοιχων Τμημάτων ομοταγών Ιδρυμάτων της αλλοδαπής, σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις. Επίσης γίνονται δεκτοί απόφοιτοι Τ.Ε.Ι. των Τμημάτων Ζωικής Παραγωγής, Δασοπονίας, Γεωργικών Μηχανών και Αρδεύσεων, Ιχθυοκομίας - Αλιείας, Τεχνολογίας Αλιείας και Υδατοκαλλιεργειών, Διοίκησης Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων, Τεχνολογίας Τροφίμων, Τεχνολογιών Αντιρύπανσης, Τεχνολογίας Συστημάτων Διαχείρισης Φυσικών Πόρων, Γεωτεχνολογίας και Περιβάλλοντος, Εμπορίας και Ποιοτικού Ελέγχου Αγροτικών Προϊόντων και Τεχνολογίας Γεωργικών Προϊόντων της ημεδαπής ή αντίστοιχων Τμημάτων ομοταγών Ιδρυμάτων της αλλοδαπής.