Στο Τμήμα Αγροτικής Ανάπτυξης λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) που οδηγεί στην απόκτηση Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) με γνωστικό αντικείμενο «Αειφορικά Συστήματα Παραγωγής και Περιβάλλον στην Γεωργία»
Υποψήφιοι Μ.Φ. του Π.Μ.Σ. μπορεί να είναι όσοι έχουν πτυχίο του Τμήματος Αγροτικής Ανάπτυξης, Γεωπονικών ή άλλων συναφών Τμημάτων Α.Ε.Ι. της ημεδαπής ή ισότιμων της αλλοδαπής που έχουν σχέση με τα γνωστικά αντικείμενα του Π.Μ.Σ.