Το Τμήμα Επιστημών της Θάλασσας του Πανεπιστημίου Αιγαίου σε συνεργασία με τα Τμήματα Περιβάλλοντος και Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου καθώς και το Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών οργάνωσε και λειτουργεί Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στο αντικείμενο «Διαχείριση Παράκτιων Περιοχών».
Στο Πρόγραμμα γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Πανεπιστημιακών Σχολών Θετικών Επιστημών, Γεωπονικών και Πολυτεχνικών Σχολών της ημεδαπής ή ομοταγών αναγνωρισμένων Ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Επίσης γίνονται δεκτοί απόφοιτοι τμημάτων Τ.Ε.Ι θετικής κατεύθυνσης.