Το Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος του Πολυτεχνείου Κρήτης, σε συνεργασία με τα Τμήματα Μηχανικών Ορυκτών Πόρων και Μηχανικών Παραγωγής & Διοίκησης, οργανώνει και λειτουργεί Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) με τίτλο «Έλεγχος Ποιότητας και Διαχείριση Περιβάλλοντος».
Στο ΔΠΜΣ γίνονται δεκτοί διπλωματούχοι όλων των τμημάτων Πολυτεχνείων ή Πολυτεχνικών Σχολών ή πτυχιούχοι των τμημάτων Φυσικής, Χημείας, Γεωπονίας, Μαθηματικών, Περιβαλλοντικών Επιστημών, Πληροφορικής, Ιατρικών και Βιολογικών Επιστημών των ΑΕΙ, των αντιστοίχων και ισοδύναμων εκπαιδευτικών ιδρυμάτων της αλλοδαπής, καθώς επίσης και απόφοιτοι των ελληνικών ΤΕΙ των σχολών Τεχνολογικών Εφαρμογών.