Το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου, σε σύμπραξη με τα Τμήματα Φυτικής Παραγωγής, Ζωικής Παραγωγής και Ανθοκομίας – Αρχιτεκτονικής Τοπίου του ΤΕΙ Ηπείρου και σε συνεργασία με το Μεσογειακό Αγρονομικό Ινστιτούτο Χανίων, λειτουργεί Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) με τίτλο «Γεωργία και Περιβάλλον».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Πανεπιστημίου, κατά προτεραιότητα Τμημάτων Περιβαλλοντικών – Θετικών Επιστημών, Γεωπονικών και Πολυτεχνικών Σχολών και κατ’ εξαίρεση πτυχιούχοι άλλων τμημάτων ιδρυμάτων της ημεδαπής ή ομοταγών αναγνωρισμένων Ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Επίσης γίνονται δεκτοί απόφοιτοι ΤΕΙ.