Το τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Περιβαλλοντική και Υγειονομική Μηχανική».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί διπλωματούχοι όλων των τμημάτων Πολυτεχνείων ή Πολυτεχνικών Σχολών ή πτυχιούχοι των τμημάτων Φυσικής, Χημείας, Γεωπονίας, Μαθηματικών, Περιβαλλοντικών Επιστημών, Πληροφορικής, Ιατρικών και Βιολογικών Επιστημών των Ελληνικών Ανωτάτων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (ΑΕΙ), των αντιστοίχων και ισοδύναμων εκπαιδευτικών ιδρυμάτων της αλλοδαπής, καθώς επίσης και απόφοιτοι των Ελληνικών Τεχνολογικών Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (ΤΕΙ) των σχολών Τεχνολογικών Εφαρμογών.