Το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Θεοφράστειο: Περιβαλλοντική και Οικολογική Μηχανική".
Δεκτοί στο ΠΜΣ γίνονται πτυχιούχοι ΑΕΙ, Πολυτεχνικών Σχολών και Θετικών Επιστημών, της ημεδαπής ή ομοταγών, αναγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής, καθώς και πτυχιούχοι των αντίστοιχων τμημάτων ΤΕΙ.