Το Μ.Π.Σ. του Τμήματος Βιολογίας του Α.Π.Θ. χορηγεί Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε) στην κατεύθυνση «Υδροβιολογία και Υδατοκαλλιέργειες»
Στο Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Βιολογίας και άλλων συναφών με τη Βιολογία επιστημών της ημεδαπής, καθώς και πτυχιούχοι ομοταγών ανεγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής.