Το Τμήμα Εφαρμοσμένης Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στην «Εφαρμοσμένη Πληροφορική» με κατευθύνσεις
Στο Π.Μ.Σ.Ε. γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Πληροφορικής, Οικονομικών, Κοινωνικών, Διοικητικών, Πολυτεχνικών και Θετικών Επιστημών Ανώτατων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (Α.Ε.Ι και Τ.Ε.Ι.) καθώς και Ανώτατων Στρατιωτικών Σχολών της ημεδαπής ή αναγνωρισμένων ομοταγών ιδρυμάτων της αλλοδαπής.