Το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο: «Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική» με κατευθύνσεις
Δεκτοί στο ΠΜΣ γίνονται πτυχιούχοι Τμημάτων Γεωγραφίας καθώς και Τμημάτων ΑΕΙ της ημεδαπής ή αντίστοιχων αναγνωρισμένων ΑΕΙ της αλλοδαπής καθώς και πτυχιούχοι των αντίστοιχων Τμημάτων ΤΕΙ και απόφοιτοι των παραγωγικών Στρατιωτικών Σχολών.