Το Τμήμα Ηλεκτρονικών Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ηλεκτρονικός Μηχανικός και Μηχανικός Υπολογιστών».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων όπως Μηχανικών Υπολογιστών, Επιστήμης Υπολογιστών και Πληροφορικής, Ηλεκτρολόγων Μηχανικών, Ηλεκτρονικών Μηχανικών, Φυσικής και Μαθηματικών, των ΑΕΙ της ημεδαπής και της αλλοδαπής, καθώς και Ανώτατων Στρατιωτικών Σχολών.