Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) του Τμήματος Πληροφορικής του Α.Π.Θ. λειτούργησε για πρώτη φορά την ακαδημαϊκή χρονιά 2003-2004 και μέχρι σήμερα προσφέρει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Εξειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) στις κατευθύνσεις:
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι τμημάτων Πληροφορικής ή Επιστήμης Υπολογιστών Μηχανικών Υπολογιστών, Ηλεκτρολόγων Μηχανικών, Ηλεκτρονικών Μηχανικών, Μηχανικών Τηλεπικοινωνιών, Φυσικής και Μαθηματικών των Ανώτατων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (ΑΕΙ) και ΤΕΙ της ημεδαπής ή ομοταγών ΑΕΙ της αλλοδαπής.