Το Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Κρήτης, σε συνεργασία με τα Τμήματα Πληροφορικής των γαλλικών Πανεπιστημίων Joseph Fourier (Grenoble I) και Paris-Sud, οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στις παρακάτω θεματικές περιοχές:
Στο ΠΜΣ. γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι με βασικές σπουδές συναφείς με την Πληροφορική από Τμήματα της ημεδαπής ή των αναγνωρισμένων ομοταγών ιδρυμάτων της αλλοδαπής και πτυχιούχοι Τμημάτων Τ.Ε.Ι. Πληροφορικής.