To Τμήμα Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου προσφέρει Πρόγράμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στην Πληροφορική». Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών έχει τρεις κατευθύνσεις:
Δεκτοί στο Π.Μ.Σ. γίνονται πτυχιούχοι του Τμήματος Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου, πτυχιούχοι αντίστοιχων Τμημάτων Πανεπιστημίων και Τ.Ε.Ι. της ημεδαπής, καθώς και πτυχιούχοι άλλων Τμημάτων της ημεδαπής και αναγνωρισμένων ομοταγών ιδρυμάτων της αλλοδαπής.