Το Τμήμα Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ) με τίτλο "Πληροφορική" στις εξής εξειδικεύσεις
Στο πρόγραμμα γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι των Τμημάτων Πληροφορικής, των Τμημάτων των Σχολών Θετικών Επιστημών, των Τμημάτων των Πολυτεχνικών Σχολών, των Τμημάτων των Σχολών Επιστήμης και Τεχνολογίας, των Τμημάτων Οικονομικών Επιστημών των Πανεπιστημίων της ημεδαπής ή των αντίστοιχων Τμημάτων της αλλοδαπής, καθώς και των Τμημάτων Πληροφορικής ή Ηλεκτρονικών Υπολογιστικών Συστημάτων ή Ηλεκτρονικών των ΤΕΙ