Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) "Σπουδές Νοτιοανατολικής Ευρώπης" δημιουργήθηκε στο πλαίσιο μίας ευρύτερης συνεργασίας του "Δικτύου Πανεπιστημίων της Νοτιοανατολικής Ευρώπης" με συμμετέχοντα Πανεπιστήμια: το Πανεπιστήμιο των Τιράνων, το Πανεπιστήμιο του Σαράγεβο, το Πανεπιστήμιο της Σόφιας St. Kliment Ohridski, το Πανεπιστήμιο του Ζάγκρεμπ, το Πανεπιστήμιο Eötvös Loránd της Βουδαπέστης, το Πανεπιστήμιο Sts Cyril and Methodius των Σκοπίων, το Πανεπιστήμιο του Βουκουρεστίου, το Πανεπιστήμιο του Βελιγραδίου, το Πανεπιστήμιο του Μάριμπορ, το Πανεπιστήμιο της 'Αγκυρας και το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Στο Π.M.Σ. "Σπουδές Νοτιοανατολικής Ευρώπης"γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Α.Ε.Ι. της ημεδαπής ή ομοταγών αναγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής, κατά προτίμηση από τους τομείς επιστημονικού ενδιαφέροντος του Π.M.Σ. Απαραίτητη προυπόθεση η πολύ καλή γνώση της Αγγλικής.