Το Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας Ιωαννίνων οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στην «Επιστήμες της Αγωγής» με τις εξής ειδικεύσεις:
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί ημεδαποί και αλλοδαποί πτυχιούχοι Τμημάτων Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας, Παιδαγωγικών Τμημάτων Νηπιαγωγών και Δημοτικής Εκπαίδευσης, άλλων ομοειδών Τμημάτων των Φιλοσοφικών Σχολών, άλλων Πανεπιστημιακών Τμημάτων ή Τ.Ε.Ι. εφόσον στις βασικές τους σπουδές έχουν διδαχθεί αντικείμενα που συνδέονται με την εκπαίδευση.