Το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Οργάνωση και Διοίκηση της Εκπαίδευσης».
Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι των Παιδαγωγικών Τμημάτων ή των λεγόμενων Καθηγητικών Σχολών των Πανεπιστημίων της ημεδαπής ή πτυχιούχοι άλλων Τμημάτων που έχουν παιδαγωγική επάρκεια καθώς και ομοταγών αναγνωρισμένων Ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Επίσης γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι σχετικών Τμημάτων Τ.Ε.Ι. συναφούς αντικειμένου.