Το Τμήμα Τεχνολογίας Τροφίμων του ΤΕΙ Θεσσαλονίκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Συστήματα Διαχείρισης Ποιότητας και Οργάνωσης Παραγωγής στη Βιομηχανία Τροφίμων».
Στο Π.Μ.Σ. γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων Τεχνολογίας Τροφίμων, Χημείας, Γεωπονίας (κατεύθυνσης Τεχνολογίας Τροφίμων), Χημικής Μηχανικής, Κτηνιατρικής, καθώς και άλλων σχετικών με τα τρόφιμα επιστημονικών κλάδων Πανεπιστημίων/ΤΕΙ της ημεδαπής ή αναγνωρισμένων ομοταγών Ιδρυμάτων της αλλοδαπής